Un problema que he tenido regularmente con algunos Pendrives USB es que suelen demorar demasiado las copia de archivos y llegan incluso a elevar la carga del CPU, donde incluso la copia parece detenida, cayendo la velocidad a cero. Hay varias recomendaciones como aseguraste de usar puertos USB 3.0, formatos Ext3 y Ext3 en lugar de FAT o NTFS, editar el GRUB, etc, sin embargo esto a veces no basta.